Golpe de Estado al general Miguel Ydígoras Fuentes, marzo de 1963

El general Miguel Ydígoras Fuentes tomó posesión el 2 de marzo de 1958 después de haber ganado las elecciones. Su período de gobierno fue interrumpido súbitamente en marzo de 1963. Fue destituido por su ministro de Defensa, el coronel Enrique Peralta Azurdia, quien proclamó el estado de emergencia y canceló las elecciones que se debían celebrar en diciembre.Peralta Azurdia abolió la Constitución de 1956, disolvió el Congreso y asumió todo el poder, iniciando un predominio político militar que después fue llevado a la Constitución.

El 13 de noviembre de 1960 un grupo de oficiales jóvenes se alzaron contra el gobierno de Ydígoras. Algunos de ellos fundaron las dos organizaciones de izquierda que iniciaron la lucha armada en 1962: las Fuerzas Armadas Rebeldes (FAR) y el Movimiento 13 de noviembre. Esta lucha guerrillera duró treinta años, y el pueblo guatemalteco tuvo que enfrentar un verdadero genocidio, que ocasionó 200 000 muertos y cientos de miles de desplazados.

Arzudia tomó medidas enérgicas para sofocar la insurrección de las Fuerzas Armadas Revolucionarias (FAR), especialmente activa en Zacapa. A pesar de la dura represión, las guerrillas continuaron su actividad. Los grupos paramilitares que, autorizados por el Ejército, asesinaron a cientos de personas durante el período del sucesor de Peralta, Julio César Méndez Montenegro (1966-1970), sólo exacerbaron la situación.